Alguns alunos dos nossos Cursos Aplicados de R têm reportado problema na hora de gerar o pdf nos arquivos .Rnw. Há algum problema na formatação do documento, em relação à acentuação em português, mesmo utilizando o pacote babel. O meu aluno Victor Valério conseguiu resolver esse problema adicionando os seguintes pacotes no preâmbulo do documento LaTeX:

\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[brazil,brazilian]{babel}

Espero que ajude os demais alunos com esse problema... 🙂